Pergamon nằm ở rìa phía bắc của đồng bằng Caicus trong khu vực lịch sử Mysia ở phía tây bắc Thổ Nhĩ Kỳ. Sông Caicus chia cắt các ngọn núi và đồi xung quanh vào thời điểm này, chảy theo một vòng cung rộng về phía tây nam. Dưới chân dãy núi ở phía bắc, giữa hai con sông Selinus và Cetius có khối núi Pergamon cao 335 mét so với mực nước biển. Địa điểm này chỉ cách biển 26 km nhưng đồng bằng Caicus không mở ra biển vì bị ngăn với bờ biển bởi khối núi Karadağ. Kết quả là, khu vực này có tính năng lục địa mạnh mẽ. Vào thời Hy Lạp, thị trấn Elaia ở cửa sông Caicus đóng vai trò là cảng của Pergamon. Khí hậu Địa Trung Hải với thời gian khô ráo từ tháng 5 đến tháng 8 thường thấy dọc theo bờ biển phía tây Tiểu Á.[4]

Thung lũng Caicus chủ yếu bao gồm đá núi lửa, đặc biệt là andesit và khối núi Pergamon cũng là một kho dự trữ andesit. Nó rộng khoảng 1 kilômét và dài khoảng 5,5 kilômét từ bắc tới nam. Phía đối diện với sông Cetius là một vách đá sắc nhọn, trong khi phía đối diện với Selinus có phần hơi thô. Ở phía bắc, khối núi tạo thành một khối đá rộng 70 mét. Ở phía đông nam của vùng đất này được gọi là 'Khu vườn của Nữ hoàng', khối núi đạt đến độ cao lớn nhất và đột ngột dốc ngay lập tức về phía đông. Thành phố phía trên kéo dài thêm 250 mét về phía nam, nhưng nó vẫn rất hẹp, với chiều rộng chỉ 150 mét. Ở phía nam của nó, khối núi thoải dần về phía đông và nam, mở rộng ra khoảng 350 mét và sau đó xuống đồng bằng về phía tây nam.[5]